经过大朝会的廷论后，明朝官场和士林间对体制改革和科举改革逐渐达成统一认识，朱厚照和内阁商议后，决定进一步推行体制改革。内阁更名为政务院，内阁首辅刘大夏为政务院院长，其余八人均为政务院副院长。撤销原六部及一应院司，重新设立各部，朱厚照参照后世，采取修改撤销合并等方式，共设立了十余个部，分别如下：吏部更名为人力资源部、户部更名为财政部、礼部更名为教育部、商部更名为商务部、税部更名为税务总署，刑部更名为刑侦部、工部更名为科技部、鸿胪寺更名为外交部、大理寺更名为司法部、都察院更名为监察部。
新增国家安部、交通部、教育部、民生部、自然资源部、水利部、卫生部、廉政署、审计署。原内阁成员不再担任各部具体职务，只负责管辖，其中人力资源部、司法部、监察部、廉政署、审计署为独立部门，由皇帝朱厚照亲自管辖。修改原有职位品级，更名为院级、部级（署级）、府级（司级）、县级（局级）、吏级。吏员分为三级，所有官员必须从一级吏员做起。
政务院成员属于朝廷最高职级，撤销原各部职级称谓，尚书改部长，侍郎更名为司长，以此类推。撤销原省一级行政机构承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，更名为省府，最高长官为省长（部级），副省长（副部级）八人，分别管辖不同的政务部门；参照朝廷各部设立对应的部门。
兵部改组为军务院，杨一清为第一任军务院院长，下设总参谋部、总装备部、总后勤部、总训练部、军情部和八大战区，军情部由锦衣卫改制而来，西山战区更名为北平战区，负责京城和京畿之地；辽东战区负责京城以北（现东北地区）；山东战区负责山东、山西、河南；南京战区负责南京、浙江、江西、湖广；四川战区负责四川、陕西及西部，广东战区负责广东、广西、福建、海南；云南战区负责云南、贵州。
每个战区按照军务院架构设置参谋部、装备部、后勤部、训练部，设司令一人；按照作战所需设立相应的作战部队，以师为单位。朱厚照作为一国之君，自然是最高统帅，但朱厚照很清楚若是大权总揽，会导致大臣不满，到时候又会出现皇权和臣权之争，所以他选择了放权，政务院具有最高行政权，朱厚照负责立法权和军权。
梳理完体制改革后，从京师到地方开始进行轰轰烈烈的改革，科技改革开始以北方为试点，三年后推行国。成立西山学院，为大明朝第一所高级学院，学院依旧设立在西山，西山衙署专门划分了一百亩地供学院使用，现在正在交由西山建筑建设，学院现阶段设立了数学、物理、化学、农业等分院。
朱厚照心里核算着，再有差不多五年时间应该有不少的学生踏入西山学院学习研究，到时候才是明朝开始发力的时刻，自己是不是挂个学院的院长名分呢？朱厚照想了想，随后又放弃了这个年头，现在由于朝廷从上到下的改革，朱厚照每天愈加繁忙，除了处理政务，朱厚照每天还坚持编写高等数学、物理、化学等高级教材，每天忙得不可开交，五年后估计会更忙，到时应该收复日本了吧？
朝鲜王宫旁边的军营校场，王守仁看着眼前瘦弱的朝鲜士兵，站姿勉强还过得去，朝鲜士兵对于明朝官兵的到来没有什么排外的情绪，反倒是朝鲜军队的将军颇有不满，言辞之间充满敌意。
王守仁当即宣布：“从今天起，明朝将在朝鲜设立朝鲜战区，任命本人为朝鲜战区的最高指挥使，由本人负责朝鲜战区所有军队的训练和作战。为了增加们的作战能力，所以在未来一个月内，将由我们对们进行训练，训练结束进行考核，如果考核不过关就会被淘汰，发放退伍军饷；如果考核过关就列入明朝军队，每个月军饷按照明朝士兵执行，由明朝负责军饷的发放”。
朝鲜士兵本来挺没有精神的，一听到以后将由明朝发放军饷，都喜形于色。在朝鲜当兵三餐都吃不饱，加上层层盘剥，到手的军饷不过区区一两银子。王守仁示意传令官挥动令旗，从京城来的三千士兵整齐划一的喊着口号走进校场，个个士兵身材壮实，站姿挺拔，精气神与朝鲜士兵形成鲜明的对比，从朝鲜士兵的眼中，投射出羡慕的目光。
王守仁转身对朝鲜的将军说：“朝鲜军队上下都要重新整编，们也要参加训练，不达标就自己退伍，军队不养闲人”。
那些将军脸色更为难堪，开什么玩笑，让我等和那些下等士兵一起训练，我们还要不要脸啊，其中一位将军走出来说：“王将军，请恕末将无法答应”。
王守仁问道：“为何？因为们是有身份的将军”？
那个将军很坦然嗯了一声，“是的，我们是朝鲜的贵族”。
贵族？王守仁的笑容充满蔑视，语气极为讽刺：“我父亲不止是状元，还是现任明朝内阁阁老之一，我是弘治十二年的科举状元，现已是明朝西山军校的校长，我尚且还要与士兵同吃同住，一个属国的贵族算什么，在这里摆什么谱，不愿意参加训练就退伍”。
那位将军重重的哼了一声，拂袖而去，剩余的将军互相看了看，向王守仁拱手告退，跟随那位将军离去。王守仁转身对朝鲜士兵说：“还有谁想走的，现在可以走，本官绝不阻拦”。陆陆续续有些士兵走了出来，王守仁打量了一下，相较于其他士兵，这些士兵较为壮实，看情形应是之前那些将军的心腹或是家将。
林俊在政务上也遇到了大麻烦，现在朝鲜官员几乎都是勋贵家族的人，林俊想按照明朝的新体制设置朝鲜省府，这也是临行前朱厚照的示意，算是新体制的践行。林俊刚刚提出这个构想，立刻引起了反弹。
不少朝鲜官员甚至放话，若是天朝上国敢改变朝鲜架构，宁愿请辞也不愿为官。这一天，林俊召集了明朝跟过来的官员，林俊双眼通红，他已经两天没怎么合眼了，把遇到的问题告知众人后，一些明朝官员考虑到朝鲜的安稳，建议林俊延缓体制变革，毕竟朝鲜不同于明朝，谁知道中途会遇上什么阻力，支持这一观点的明朝官员不在少数，只有王守仁、唐伯虎等西山出来的官员表示不能受到勋贵家族的恐吓，坚决执行朝廷的策略，确保朝鲜收于掌中。
林俊考虑了很久，终究下定决心，若是这一步忍让，下一步很难再去实施，就像明朝的体制改革和科举改革，只要朝廷退一步，以后要退无数步，最终还是由朝鲜的勋贵家族把持朝政，这不是朝廷想要的结果。想通这点后，林俊冷笑一声：“我们不可以妥协，这是陛下临行之前给本官的任务，他们要请辞就同意他们的请辞，本官现在立刻写奏章，请求朝廷派遣官员到朝鲜，哼，他们不想做官，大明朝可还有很多人没法做官呢，按照本官说的去做，一切后果由本官承担”。
“伯虎，辛苦回京师一趟，一定要向陛下禀明朝鲜官场的现状，这些勋贵家族是在要挟朝廷呢，除了派遣官员外，希望陛下也能派遣一下工匠到朝鲜，本官打算修路。另外防止朝鲜勋贵家族使坏，保证朝鲜的粮食供应，请求朝廷拨付三千石的粮食支援”。
“大人，还需朝廷调动辽东战区的士兵，至少需要一万人，还要一万支击发枪和相应的弹药，才能确保朝鲜的安和釜山港的建设”，王守仁在一旁提醒。林俊点点头，涉及家族利益和生死，朝鲜勋贵家族肯定不会善罢甘休，即使再发生一次李?勾结倭寇弑杀大臣的事也不足为奇。
现在由西山过来的士兵只有区区三千人，虽然士兵训练有素、装备精良，但毕竟不是国内，若是朝鲜勋贵家族一意孤行，这点人根本无法保护众人。林俊说：“伯安提醒的对，此事不可疏忽大意，伯安，调动五百人护送伯虎回去一趟，事情紧急，伯虎马上出发吧”。
林俊安排唐伯虎回去是有深意的，首先唐伯虎可以说是天子门生，另外唐伯虎在陛下还是太子时就开始跟随，与陛下的感情天然亲近，由他开口索要物资和人员，再者陛下对朝鲜事务非常看重，把王守仁和唐伯虎都派到朝鲜来除了锻炼他们，还有一个重要的原因就是为他们以后的升职积累经历。
唐伯虎也知道事情紧急，抱了抱拳没有二话就告辞了。林俊拉住王守仁，轻声说：“伯安，这段时间辛苦，加强这里的防守，一定要确保我们的安，那些勋贵家族失去了作威作福的权利，肯定不会善罢甘休，为防他们狗急跳墙，我们还是要提高警惕”。