在《中国伦理学史》一书中，蔡元培指出了自汉以来，历二千年中国文化发展缓慢的原因，预言中国的伦理思想必然向着追求人类自由的方向发展，显示出作者的新型史观和民主意识。
中国伦理学有数千年的历史，资料之丰富为世所罕见。但是，这些思想资料与其他各学科往往纠缠在一起，难以区别开来。
蔡元培认为，史书所载的各种儒林传、道学传，以及学术史的专著，如：《宋元学案》《明儒学案》等，只能算哲学史而不是伦理学史。
他在他的《中国伦理学史》中，将主要思想家的哲学思想作为他们伦理思想的前提，细心剔抉出他们关于道德规范、道德范畴、道德修养等方面的理论，理出伦理思想，而且将其系统化，努力找出它们之间的来龙去脉，从发展变化上掌握他们。
该书体现了蔡元培反对封建的文化专制主义，在学术上主张民主自由兼容并包的特点。
他在绪论中指出：“各家学说，与作者主义有违合之点，虽可参以评判，而不可以意取去湮没其真相。”
在叙述各伦理学派时，蔡元培的态度是客观的，不仅实事求是地介绍了他们的具体内容，而且评判公允。
例如对以孔子为代表的儒家，一方面认为它足以代表“吾民族根本理想，但又提出其哲学之闳深，不及道家；法理之精核，不及法家；人类平等之观念不及墨家。又其所谓折衷主义者，不以至精之名学为基本，时不免有依违背施之迹”。
对于儒家一向贬斥的王充、王安石，作者称赞说：“不阿所好之精神，有可取者，有卓识。”
对理学的集大成者朱熹，作者既肯定他的研究之勤，著述之富，对综合儒家思想有功绩，也批评他独断、保守，尤便于有权势者之所利用。
对中兴陆学的王阳明，作者赞扬其“矫朱学末流之弊，促思想之自由，励实践之勇气，使思想界气象一新，其功固昭然不可掩也”。
在蔡元培看来，“苟无学术史，则凡前人之知，无以为后学之凭借，以益求进步”。具体到伦理学界，“迩际伦理界怀疑时代之托始，异方学说之分道而输入者，如槃如烛，几有互相冲突之势”。
蔡元培担心“苟不得吾族固有之思想系统以相为衡准，则益将彷徨于歧路”。
于是，他在莱比锡大学的课余时间便开始写作《中国伦理学史》。而在德国对西方学说的系统研习，加之其本有的中国传统文化修养，使得蔡元培在看待中国伦理问题时的眼界，较之此前一个时期的“道德革命”论述可以更上层楼。
贯穿于《中国伦理学史》中的主线，即蔡元培提出的以“异方学说”与“固有思想”相为衡准的主张。这既是晚清“新学”人士，受到进化论的思维方式的影响，而普遍产生的一种历史意识与文化观念，同时也包含了蔡元培个人的独到思考。
一方面，伦理学意识的勃发与伦理学史的认知框架乃是西学刺激的产物；但另一方面，蔡元培超拔时人之处在于其并非仅以西学为批判中国旧说的工具，而对西学本身同样能持一种历史的分析态度，将“分道输入”的西方伦理学说条分缕析，加以把握；使之与中国固有的伦理思想相为衡准，最终在相互参照的视野中，形成对“中国伦理学”的相对准确的认识。
蔡元培的译作《伦理学原理》，则是一部他向国人介绍西方近代伦理论的一部重要著作。
该书作者是弗里德里希?泡尔生，系德国著名哲学家、伦理学家、教育家，1878年起任柏林大学教授直至去世。
里德里希?泡尔生思想上属康德派，是当时所谓"形而上学泛心论"的代表，主要著作有《哲学导论》，影响甚大，到1929年已出至第42版（1892年，列宁在其《哲学笔记》中对此书有专门的摘录和评论），包尔生的重要著作还有《教育学》、《教育史》、《哲学史》、《康德传》等以及《伦理学体系》。
《伦理学体系》1889年柏林初版，以后多次修订再版，是包尔生作为伦理学家的代表作，也是曾经在德国及欧美发生过广泛影响，至今仍不失其传统伦理学经典意义的一部著作。
该书兼顾历史和现实、理论和实践，书共分三编。
第一编为人生观与道德哲学概述，下含六章：一、古希腊道德哲学与人生观；二、基督教人生观；三、旧世界到基督教的转换；四、中世纪人生观；五、现代人生观；六、中世纪与现代道德哲学。
第二编论述了伦理学体系的基本概念与原则，下含九章：一、善恶：目的论与形式论；二、至善：快乐主义与自我实现论；三、悲观主义；四、恶、祸和护神论；五、义务与良心；六、利己主义与利他主义；七、德行与幸福；八、道德与宗教之联系；九、意志的自由。
第三编为德性与义务论，下含十一章：一、德行概论；二、意志教育和情感训练，或自制；三、肉体生活；四、经济生活；五、精神生活与文化；六、荣誉；七、自杀；八、同情与仁慈；九、正义、十、友邻之爱；十一、诚实。第四编为国家为社会理论纲要，主要阐述了他的社会学和政治学观点和他对合理的社会生活形式的看法。
在此书中，作者用不长的篇幅，勾勒了西方人的实际道德与人生观念的历史演变，而尤其是注意到那些根本的转折，显示了其非凡的洞察力和概括力。
蔡元培编译的《伦理学原理》，就是根据《伦理学体系》第二编的日译本转译的。
《伦理学原理》由商务印书馆出版后多次重印，直至1979年，台.湾仍在重印此译本，可见其社会影响之大。
蔡元培的《中学修身教科书》、《中国伦理学史》和所译《伦理学原理》，看似学术作品。实际上，是力图为中国人寻找新的精神定位。从社会学的角度来讲，社会大变乱时期，旧的道德秩序、行为规范、社会规则已经改写，即所谓的社会“失范”，社会成员面临着遵行什么样的伦理规范，才能适应新时代的问题，社会则面临着重建伦理秩序的问题。
为社会建立合理适时的伦理规范，规范每个个体行为，这是社会有序和健康运行的关键。那么对于社会成员的伦理规范的制定合理合宜的规则，以及对社会成员个体人格的好的培养就显得格外重要。
20世纪初期，梁启超、孙.中.山等各个领域的领军人物都曾不约而同地谈到人类的人格问题，强调人格的重要，重视人格的培养。梁启超于1903年著文《论中国国民之品格》；孙.中.山于1923年则作了《改良人格来救国》的演讲。
特别值得一提的是，与其时颇多学术史家对晚清以降的“新学”大都给予积极评价不同，蔡元培虽也表彰其功，但却不无保留意见。他并不满意在此前一个时期的“道德革命”中表现出来的将西方伦理学说工具化的倾向。他以为无论对西方伦理学，还是对中国伦理学，都应当加以专门研究，方才能够产生思想效力与道德效应。而《中国伦理学史》便正是他为此做出的努力。
《中国伦理学史于1907年出版后，至1921年再版6次，后编入“汉译世界名著丛书”；被称为“中国现代伦理学的开山之作”；
一般说来，一个社会的道德，大的方面固然是规范人的行为，为国家的统治提供秩序，为人和人的交往提供规矩。但是，对每个个人来说，也是一种修行，一种教养，一个有道德的人在社会上肯定是个受人尊重的人。
一个社会的道德规范，固然有继承性，有在很长的历史时期中共同的东西。比如，自从有私有财产以来，切勿偷盗就一直是大家公认的道德戒律。但从总的说，道德归根结底是为一定的社会制度服务的，是在一定的社会条件下，人们交往方式的需要。不是固定不变的，是随着社会进步而进步。
毫无疑问，培养人的道德观念，告诉人们什么事能做，什么事不能做，这无疑是教育的责任。
道德教育，可以说是蔡元培一生的追求，在他看来道德教育是她教育救国的重要组成部分。他写下《中学修身教科书》、《中国伦理学史》，翻译《伦理学原理》，就是他这一思想的充分体现。
他1918年谈到教育时曾郑重提出，学校教育的本质和核心是人格教育，否则，就是教育的堕落，继之以人的堕落。“然则，进化史所以诏吾人者：人类之义务，为群伦不为小己，为将来不为现在，为精神之愉快而非为体魄之享受，固已彰明较著矣。”
在弥留之际，蔡元培的遗言中也曾有“我们要以道德救国，学术救国”的话。
在西学东渐、中西文化交流大潮中。蔡元培审时度势，一方面积极主动地译介、传播西方伦理学说，同时又注重中西伦理学说的比较、融合，力求建构具有新时代、新特点、新方法的中国伦理学。在伦理学方法、伦理学原理、伦理学史诸多方面，为中国近代伦理学的建构做出了极为重要贡献。