被媒体曝光的，应桂馨和内务部秘书洪述祖、国.务.总.理赵秉钧往来电报如下：
一、民国二年一月十四日赵秉钧致应桂馨函：“密码送请检收，以后有电，直寄国.务.院可也。”（外附密码一本，上面注明国.务.院应密，民国二年一月十四日）。
二、应桂馨寄赵秉钧的“应密冬电”内有：“民党主宋任总.理。已由日本购孙、黄、宋劣史， 印十万册，拟从横滨发行。”
三、民国元年二月一日，洪述祖致应桂馨函：“大题目总以做一篇激烈文章方有价值也。”二月二日洪致应函：“弟须于事前迳电老赵索一数目。”
四、在往来电报中，洪述祖称应桂馨为弟，应称洪为荫之老伯。
五、二月四日洪述祖致应桂馨函：“冬电到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统，阅后颇喜， 说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
六、二月廿二日洪述祖致应桂馨函：“来函已面呈总统、总.理阅过。以后勿通电国.务.院，因智 （称赵秉钧）已将密本交来，统归兄一人经理。”
七、三月十三日洪述祖致应电：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”
八、三月十四日应桂馨致洪述祖“应密”寒电：“梁山匪魁四出扰乱（按此系指宋在各大城市 演说指责袁世凯），危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。”
九、三月廿一日应桂馨致洪述祖“川密”个电：“匪魁已灭，我军无一伤亡。”
这使得这一事件徒然上升为一桩严重的政治事件，虽然并没有直接证据证明就是袁世凯指使人刺杀的宋教仁。
一直为国民党宋教仁派喉舌的《民立报》对密电的解读，就相当具有代表性。
《民立报》在对应桂馨与洪述祖往来函电（二月八日电）的解释中，将案件的逻辑说得很清楚：“袁、赵蓄谋倾陷宋先生，无时或忘。至应犯一再迁延，乃知宋先生的名誉无术毁坏，不得不毁坏宋先生之身命。故宋先生之死，袁、赵死之，非洪、应与武死之也。”
也就是说，《民立报》认为，应桂馨买凶杀宋教仁，并非偶然，而是在长期策划毁坏宋教仁名誉无法得逞之后，才出此杀人灭口的下策。
应桂馨，其父应忠才（应文森）本为工匠，因在上海贩卖地皮而发家。
应桂馨肄业于上海梅溪书院，后又补送龙门书院。一八八七年跟随英国工程师金斯美学习工程绘图，后随岳父薛培榕去汉阳铁厂任职。因与美国工程师为商办建筑钢铁熔炉意见冲突，被湖广总督张之洞改派到武昌监修两湖书院，旋又因上呈不合程式而被斥。遂赴南昌知府曹朗川幕下，一八九一年报捐县丞，被任命为巡捕。
同年赴安徽，充支应局兼报销差，一八九三年负责皖南缉捕营。一八九四年辞职赴沪，开设祥园烟馆和桂仙戏院，成为上海滩的著名地痞流氓。
一九零六年因涉嫌敲诈及私通巨匪范高头，被驱逐出租界。他逃往苏州，捐一候补知县，并被袁世凯之族弟袁干卿委任为督练公所科长，后又打算让他当印刷局提调，引起舆论哗然。在汪钟霖为首的士绅的抗议与控诉下，应桂馨遭到通缉而逃走，藏匿于老家鄞县。
在声名狼藉的另一面，应桂馨还一直暗中支持反清革命。他在一八九四年任皖南捕营管带时曾抓获革命党人龚照，反而被其感化，决定弃官投身革命事业，多次秘密接济革命党人。
辛亥革命时参与上海光复，被沪军都督陈其美委任为谍报科长，孙中山来沪时负责照料，并护送孙中山至南京就任临时大总统。孙中山任命应桂馨为总统府卫队司令，后兼庶务长。应桂馨“办菜每席开支银五元，后减至一元，菜与五元相等”，被总统府发觉后即遭斥革。
一九一二年七月一日，应桂馨纠合青帮、红帮等江湖势力，成立了中华国民共进会，自任会长。然该会成立后到处闹事，危害社会治安。尤其是在一九一二年九月制造了湖北马队兵变，被黎元洪镇压后查明应桂馨为主使，于是严加通缉。
不久后，内务部秘书洪述祖以调查水上警察事宜为名来上海，实际上带着袁世凯招安共进会的秘密使命，与应桂馨建立联系与交情。洪述祖不仅向江苏都督程德举荐应桂馨出任江苏驻沪巡查长，还说服黎元洪取消了对应桂馨的通缉。
十二月应桂馨受洪述祖之邀北上北京，谒见大总统袁世凯与国务.总.理赵秉钧，期间曾请求任命他为“中央特派驻沪巡查总长”，管辖自川、豫以至闽、广等地的会党势力，被赵秉钧拒绝，
当时，洪述祖欲阻止国民党组建政党内阁，在袁世凯的支持下密电联络应桂馨，要求他搜集关于国民党领袖孙中山、黄兴、宋教仁的黑材料。应桂馨谎称他已得知日本有“孙黄宋劣史”、“黄与下女合像”、“宋犯骗案刑事提票”等物证，向政.府索要30万来购买。袁世凯对“宋犯骗案刑事提票”颇感兴趣，欲知其详情并托洪述祖要求应桂馨先提供原件或影印件，但应桂馨始终无法交出。
一个常见的说法是，洪述祖知道妖魔化国民党要人的方法行不通后，便于三月六日密电应桂馨，暗示他对宋教仁“乘机下手”。十三日更以“毁宋酬勋位”为诱饵，嗾使应桂馨杀害宋教仁。应桂馨欲以低价收购国债作为报酬，洪述祖则回应“债票特别准”。
应桂馨得到承诺后，收买凶手武士英，于一九一三年三月二十日制造了宋教仁案。三月二十四日，应桂馨在迎春坊妓女李桂玉家中被英捕房逮捕。在审判期间百般抵赖，至七月二次革命爆发之际，他趁乱越狱，藏身青岛德国租界。
据称，二次革命遭镇压、袁世凯就任正式大总统后，应桂馨致电政.府，称自己杀“贼”有功，请求平冤昭雪。袁世凯政.府并无反应，他便亲自入京邀赏。在北京期间，每晚在八大胡同纵情声色。
一九一四年一月十七日，应桂馨在嫖娼并吸大烟时遇到军警查拿。军警不知他为应桂馨，他却高声对军警说：“我乃民国首功，又杀宋教仁之功首，现在**将予我上将，并酬勋位及国库证券百万，今我逸兴遄发，乐此以消永夕，于汝何事？”遂将军警轰走。
两天后的一月十九日下午，应桂馨就在津京快车上遇刺身亡，主使者一般认为是袁世凯。
对于涉及到自己的电报，赵秉钧辩称：“程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，均属因公”。
宋教仁案的另一个重要嫌犯是国府的内务部秘书洪述祖。
洪述祖，原名洪熙，字荫之，号观川居士，出生于江苏常州一个名门望族之家。他的先祖是清代赫赫有名的大文豪洪亮吉。其名述祖，有继先祖功业之意。不过，洪述祖一生行迹与乃祖之行，南辕北辙。
洪述祖九个月时，太平军攻陷常州，其父洪彦先死于巷战，家属十七人投河。唯洪述祖与其母张氏被人所救。后依靠叔父洪彦哲生活，并在其门下受学。
光绪四年（1878年）考取秀才，但其后八年间屡试不第，于是以游幕为生。先后佐理江西学政陈宝琛、江西巡抚潘霨、钦差大臣督办福建军务左宗棠和台湾巡抚刘铭传之幕府。
光绪十四年（1年），洪述祖被刘铭传派去英国，验收台湾商务局在英国订造的“驾时”、“斯美”两艘快船。事后刘铭传弹劾洪述祖私吞公款，遂被革职并下淡水县狱。
光绪十九年（1893年），洪述祖出狱，北上天津投奔同乡津海关道盛宣怀。不久甲午中日战争爆发，洪述祖被派往朝鲜，负责电报事务，并在那里结识了袁世凯、唐绍仪。战后洪述祖回江苏谋生，从此其名由洪熙改为洪述祖，并入余联沅之幕府。
光绪二十八年（1902年）秋，清廷重新起用洪述祖，以候选知县分发湖北。在汉口任职两年多，历任汉口清丈局坐办、汉口厘局交涉文案兼办鄂中洋务交涉、汉阳府夏口厅发审委员、汉口警察第二局总办等职。
光绪三十一年（1905年）春因与江汉关道继昌不和，洪述祖辞职，重返上海，协助李经方办理安徽铁路事宜。
光绪三十三年（1907年）被选拔到直隶任职，历任省水利总局会办、洋务局会办、印花税局会办、度量权衡局会办等多个差使。一年试用期满后，直隶总督杨士骧给他的评语是“精明干练，颇知大体，堪为优等”，奏请留省补用。